為了有效地保證管道和與成品接觸的所有部件的清潔，實驗用噴霧干燥機在使用過程中可以獲得一流的產品，并且需要定期的清潔設備。當產品種類發生變化，或者噴霧干燥設備已經停產超過24小時而未進行清潔時，應進行徹底徹底的清潔。
在實驗用噴霧干燥機中，清洗方法可根據實際選擇用于干洗、濕洗或化學洗滌。在干洗過程中，可用刷子、真空吸塵器進行有效清洗，濕洗：60~用80°C的熱水清洗。
在化學清洗過程中，實驗用噴霧干燥機可在操作過程中用酸性、堿液和各種洗滌劑清洗。當用于酸洗時，它會有效地使HNO3濃度為1~2％的溶液，加熱溫度不超過65°C進行洗滌，然后用水洗滌;堿洗：將NaOH配制成濃度為0.5?1％的溶液，加熱溫度不超過65°C進行洗滌，然后用水洗滌。
實驗用噴霧干燥器應在一定程度上根據周圍環境條件，空氣中的灰塵水平，一般含量高清洗3至6周，6至8周的低灰塵含量洗滌一次。用堿洗法洗滌后的不銹鋼長絲應均勻地放入空氣過濾器的框架中，并用輕質錠子油或真空泵噴灑。
